O inteligente e bondoso Kubo ganha a vida de forma humilde, contanto histórias fantásticas às pessoas da sua cidade à beira-mar, incluindo Hosato, Akihiro e Kameyo. Mas a sua relativamente tranquila existência é destruída quando acidentalmente convoca um espírito mítico do seu passado que desce dos céus para cumprir uma antiga vingança. Agora em fuga, Kubo junta forças com Monkey e Beetle e inicia uma emocionante jornada para salvar a sua família e resolver o mistério do seu falecido pai, o maior samurai que o mundo alguma vez conheceu. Com a ajuda do seu shamisen – um mágico instrumento musical – Kubo tem de lutar com deuses e monstros, incluindo o vingativo Moon King e as maldosas irmãs gémeas para desvendar o segredo do seu legado, reunir a sua família e cumprir o seu heróico destino.
