Sofrendo ataques de asma, a jovem Anna Sasaki é tranquila, insociável e isolada dos seus colegas, causando preocupações aos seus pais adoptivos. Por recomendação do médico, Anna é enviada para o campo, na esperança de que o ar mais puro e o estilo de vida mais relaxante melhorem a sua saúde e ajudem a limpar a sua mente. Dedicada à sua paixão pelo desenho, Anna passa os dias de verão a viver com os tios numa pequena cidade perto do mar. Anna descobre uma mansão abandonada conhecida como Marsh House, e descobre que a residência não está tão vazia, encontrando uma rapariga chamada Marnie. O comportamento alegre de Marnie começa a tirar Anna da sua concha, enquanto regressa noite após noite para se encontrar com a sua amiga. Mas parece que há mais uma rapariga, à medida que o seu tempo na cidade se aproxima do fim, Anna começa a descobrir a verdade sobre Marsh House. Omoide no Marnie conta a história comovente da jornada de uma jovem rapariga em busca de autodescoberta e amizade.
