Rocky, Colt e Tum Tum tornam-se amigos de Jo, uma índia americana, juntando-se logo a ela na batalha entre os índios e um corrupto homem de negócios.

Com a ajuda das suas armas caseiras e da sabedoria dos nativos americanos, os três Ninjas aventuram-se em pleno território inimigo - a 'fábrica-fortaleza' de Harding Waste Plants.