Passado no final do séc.XIX, quando o período feudal Shogun começava a dar lugar à Restauração Meiji, Seibi Iguchi (Hiroyuki Sanada) é um modesto samurai do clã Unasaka na província Shonai do nordeste do Japão.

A sua mulher morreu de tuberculose e, com duas filhas, Kayano e Ito, e a sua idosa mãe para cuidar, ele e a sua família sobrevivem com dificuldades.

Quando termina a sua jornada diária como caixa de um armazém do clã, ele dirige-se directamente para casa, evitando confraternizar com os outros samurais. Nas suas costas, estes brincam chamando-lhe 'A Sombra do Samurai'.

O divórcio da sua amiga de infância Tomoe (Rie Miyazawa), leva-o a um confronto com o violento ex-marido dela, um importante samurai. Quando começa a circular a notícia da vitória de Seibi usando apenas uma espada de madeira, a sua reputação de valoroso lutador muda por completo a forma dos seus amigos o encararem.

Quando Seibei começa a sonhar que apesar da sua pobreza ele pode ter esperanças a tomar a mão da sua amada Tomoe, é apanhado no turbilhão das lutas de clãs, sendo escolhido pelos seus superiores, contra a sua vontade, para lutar até à morte com um conhecido guerreiro.

Uma visão intensamente humana da vida de um guerreiro e que vai tocar o seu coração.