Trinta e sete mil anos atrás um segredo foi enterrado numa caverna no Texas. Agora, o segredo foi libertado, e a sua descoberta pode significar o fim da humanidade.

Quando um ataque terrorista resulta na explosaão de um edifício em Dallas, Texas, Fox Mulder (David Duchovny) e Dana Scully (Gillian Anderson), agentes do FBI são atraídos para uma conspiração como nunca tinham encontrado antes. Auxiliados por um médico paranóico (Martin Landau), Mulder e Scully arriscam as suas carreiras e vidas na caça a um vírus mortal que se suspeita ser de origem extraterrestre. A procura da verdade leva-os ao confronto com o misterioso Sindicato, constituído por homens poderosos capazes de tudo para manter os seus segredos, percorrendo o globo desde uma caverna no Texas, passando pelos corredores do FBI, até uma instalação secreta na Antárctida, onde se apresentará o maior mistério de todos.