Episódios 1-5

Pouco depois dos incidentes de "O homem que ri", a major Kusanagi e o resto da Secção 9, a força de choque anti-terrorista tecnologicamente mais avançada do Japão, voltam à acção com novos casos. Revoltas relacionadas com a gestão de uma onda de imigrantes asiáticos ameaçam o poder político e o novo Primeiro-Ministro chama a Secção 9 para ajudar a manter a paz. Depois da sua restituição, a Secção 9 deve deter um assassino que elimina oficiais de um alto cargo, conseguir prender um ladrão extraordinariamente hábil e desvendar o motivo peo qual um helicóptero de alta tecnologia ficou maluco. Todas estas investigações são efectuadas sob uma maior pressão que o habitual pelo misterioso agente de inteligência conhecido como Gohda.