Episódios 6-10

6. "Escavação"
7. "PU239"
8. "Imitação de Comida"
9. "Ambivalência"
10. "Juízo"

Num futuro não muito longínquo, a Major Kusanagi e o resto da Secção 9, força de choque anti-terrorista de alta tecnologia do Japão, voltam à acção com novos casos. Quando Togusa descobre uma operação secreta do governo nas ruínas bombardeadas de Tóquio, a Secção 9 é enviada a desviar um carregamento de plutónio cuidadosamente vigiada pelo agente de inteligência Gohda. Depois deste caso, a Major e os seus companheiros mergulham na rede para averiguar mais sobre o misterioso passado de Gohda e a sua relação com a organização terrorista conhecida como os "11 individuais", e simultaneamente entrando numa operação a contra-relógio com o fim de deter uma vaga de atentados suicidas cometidos por refugiados que ameaçam a estabilidade do Japão.