Quando se torna público que os refugiados têm em seu poder um engenho nuclear e planeiam usá-lo para conseguir a independência, o governo decreta a lei marcial em Dejima. A tensão aumenta e com um só disparo dá-se o início da revolução. A Secção 9 está encurralada num conflito bélico entre o exército e os refugiados, confrontando-se com um poderoso inimigo na sombra, que se adianta a todos os seus movimentos. Motoko e os seus ver-se-ão obrigados a utilizar todos os recursos ao seu alcançe, e fazer sacrifícios para resolver esta crise de consequências imprevisíveis.

Episódios 23-26

23: "Lei Marcial"

24: "Poder Nuclear"

25: "Deste Lado da Justiça"

26: "Gig OO Infinito"