Passaram oitenta anos desde que finalizou a guerra entre os Zentraedis e os Meltrandis no planeta Terra. Agora a humanidade convive em harmonia com as duas espécies de extra-terrestres que fizeram parte do conflito. Contudo esta aliança complicada fragiliza-se quando invasores identificados como Zentraedis aparecem do hiperespaço e atacam as forças terrestres. Quando Hibiki, um jornalista enviado para reportar estes feitos se vê no meio de uma nova batalha, para poder sobreviver, acaba por aliar-se inesperadamente a Ishtar, uma enigmátic princesa Zentraedi. Com a ajuda da valente piloto Sylvie, Hibiki deverá esclarecer o papel de Ishtar nesta nova invasão e convencer as Nações Unidas do Espaço e reactivarem a fortaleza Macross para poderem defender a Terra uma última vez.