Os Agentes J (Will Smith) e K (Tommy Lee Jones) fazem parte do segredo mais bem guardado do Universo: MIB - Homens de Negro, uma agência governamental que oficialmente não existe e que controla as actividades extraterrestres na Terra. Eles convivem diariamente com uma multidão de divertidos extraterrestres que escolheram a Terra como local de residência, sem que ninguém saiba da sua existência. Enquanto investigam uma série de encontros imediatos não registados, os agentes MIB descobrem uma mortífera conspiração de um terrorista intergaláctico, que prevê a destruição da Terra! A missão de K e J é proteger o mundo da escória do Universo.