O CÓDIGO OMEGA baseia-se em dois estudos, Theomatics e ELS, que procuram respostas acerca da existência de um mapa da história do futuro do Mundo nas páginas da Biblía. Stone Alexander (Michael York) é um magnata da comunicação social que está a utilizar o Código Omega e as suas revelações para criar um império mundial. O seu maior adversário é o Dr. Gillen (Casper Van Dien), um especialista em mitologia que inocentemente ajudou Stone no seu plano de conquista, acabando por o enfrentar ao descobrir as suas verdadeiras motivações. Quando Stone ordena uma ataque nuclear contra Israel, todos os esforços são vãos para impedir Stone de tomar Jerusalém, pois foi profetizado que "Quem controlar Jerusalém nos últimos dias controlará o mundo".